gcc 编译参数
linux进程管理
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进入考试月了
好几天没看订阅后 收集前沿信息了
传统方法的技术限制和耗时是亚病原体（类病毒和卫星病毒等）的发现比率较低的主要原因。在先前的研究中我们开发了一种新的非同源依赖的方法(PFOR)，这种方法能够高通量测序数据获得的植物环状RNA病原体。PFOR方法能够识别具有独立感染能力的新的病原体，但是，PFOR方法存在局限，首先改方法是用PERL语言编写，从而导致运行速率比较慢，而且也不够识别不能识别宿主中的small RNAs低含量的亚病原体。在本研究中，通过对PFOR进行优化和改进，获得了具有并行处理能力的快速运算程序PFOR2（C++改写），其运行速度比PFOR提高了3~8倍，从而能够处理高通路测序数据。除此之外，还开发了一个新的算法（SLS算法，该算法可以实现序列的虚拟分割），并且整合到了PFOR2中，从而是PFOR2不仅可以用于small RNA数据还可以用于long RNA数据来识别新的病毒。运用PFOR2分别在葡萄和苹果锈果病样品中发现Grapevine latent viroid (GLVd)和Apple hammerhead viroid-like RNA (AHVd-like RNA)。GLVd包含了类病毒中的常见的结构元件并且能够独立感染葡萄种子，所以可以认为是Apscaviroid属中一种新的species。AHVd-like RNA在正链和负链均可以编码具有生物活性hammerhead ribozyme，与在苹果植物中发现的病毒没有特异的相关性。总之，PFOR2能够促进植物，无脊椎动物和脊椎动物中新circular RNA的鉴定，而不必考虑small RNA在宿主中的含量或者是是否发生复制。